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Gene duplication and exon shuffling by helitron-like transposons generate intraspecies diversity in maize 1-gen-2005 M., Morgante; S., Brunner; G., Pea; K., Fengler; Zuccolo, Andrea; A., Rafalski
Structured motif search 1-gen-2005 A., Policriti; N., Vitacolonna; M., Morgante; Zuccolo, Andrea
The Oryza Map Alignment Project (OMAP): A new resource for comparative genome studies within Oryza 1-gen-2006 R. A., Wing; H. R., Kim; J. L., Goicoechea; Y., Yu; D., Kudrna; Zuccolo, Andrea; S. S., Ammiraju Jetty; M., Luo; W. Nelson C., Soderlund; P., Sanmiguel; N., Gill; J., Walling; S., Jackson; B., Hurwitz; D., Ware; L., Stein; D., Brar; D., Mackill
Construction of a Nurse Shark (Ginglymostoma cirratum) Bacterial Artificial Chromosome (BAC) Library and a Preliminary Genome Survey 1-gen-2006 M., Luo; H., Kim; D., Kudrna; N. B., Sisneros; S., Lee; C., Mueller; K., Collura; Zuccolo, Andrea; B., Buckingham; S. M., Grim; K., Yanagiya; H., Inoko; T., Shiina; M. F., Flajnik; R. A. Wing R., A.; Y., Ohta
Evolutionary dynamics of an ancient retrotransposon family provides insights into evolution of genome size in the genus Oryza 1-gen-2007 S., Jetty; Zuccolo, Andrea; Y., Yu; X., Song; B., Piegu; F., Chevalier; J., Walling; J., Ma; J., Talag; D., Brar; P., Sanmiguel; N., Jiang; S., Jackson; O., Panaud; R., Wing
The Oryza Map Alignment Project (OMAP): A new resource for comparative genome studies within Oryza 1-gen-2007 R. A., Wing; H. R., Kim; J. L., Goicoechea; Y., Yu; D., Kudrna; Zuccolo, Andrea; S. S., Ammiraju Jetty; M., Luo; W. Nelson C., Soderlund; P., Sanmiguel; N., Gill; J., Walling; S., Jackson; B., Hurwitz; D., Ware; L., Stein; D., Brar; D., Mackill
RetrOryza: a database of the rice LTR-retrotransposons 1-gen-2007 C., Chaparro; R., Guyot; Zuccolo, Andrea; B., Piegu; O., Panaud
Transposable element distribution, abundance and role in genome size variation in the genus Oryza 1-gen-2007 Zuccolo, Andrea; A., Sebastian; J., Talag; Y., Yu; H., Kim; K., Collura; D., Kudrna; R., Wing
Characterization of the chromosome complement of Helianthus annuus by in situ hybridization of a tandemly repeated DNA sequence 1-gen-2007 M., Ceccarelli; V., Sarri; L., Natali; T., Giordani; A., Cavallini; Zuccolo, Andrea; I., Jurman; M., Morgante; P. G., Cionini
BAC-end Sequence Analysis and a Draft Physical Map of the Common Bean (Phaseolus vulgaris L.) Genome Status 1-gen-2008 J. A., Schlueter; J. L., Goicoechea; K., Collura; N., Gill; J., Lin; Y., Yu; D., Kudrna; Zuccolo, Andrea; C. E., Vallejos; M., Muñoz Torres; M. W., Blair; J., Tohme; J., Tomkins; P., Mcclean; R. A., Wing; S. A., Jackson
Phylogenetic relationships between annual and perennial species of Helianthus: evolution of a tandem repeated DNA sequence and cytological hybridization experiments 1-gen-2008 L., Natali; M., Ceccarelli; T., Giordani; V., Sarri; Zuccolo, Andrea; I., Jurman; M., Morgante; A., Cavallini; P. G., Cionini
Dynamic Evolution of Oryza Genomes Revealed by Comparative Genomic Analysis of a Genus-wide Vertical Dataset 1-gen-2008 S. S., Ammiraju; F., Lu; A., Sanyal; Y., Yu; X., Song; N., Jiang; A. C., Pontaroli; T., Rambo; J., Currie; K., Kollura; J., Talag; C., Fan; J. L., Goicoechea; Zuccolo, Andrea; J. L., Bennetzen; M., Chen; S., Jackson; R. A., Wing
The Rice Annotation Project Database (RAP-DB): 2008 update 1-gen-2008 Tanaka, T; Antonio, Ba; Kikuchi, S; Matsumoto, T; Nagamura, Y; Numa, H; Sakai, H; Wu, J; Itoh, T; Sasaki, T; Aono, R; Fujii, Y; Habara, T; Harada, E; Kanno, M; Kawahara, Y; Kawashima, H; Kubooka, H; Matsuya, A; Nakaoka, H; Saichi, N; Sanbonmatsu, R; Sato, Y; Shinso, Y; Suzuki, M; Takeda, J; Tanino, M; Todokoro, F; Yamaguchi, K; Yamamoto, N; Yamasaki, C; Imanishi, T; Okido, T; Tada, M; Ikeo, K; Tateno, Y; Gojobori, T; Lin, Yc; Wei, Fj; Hsing, Yi; Zhao, Q; Han, B; Kramer, Mr; Mccombie, Rw; Lonsdale, D; O'Donovan, Cc; Whitfield, Ej; Apweiler, R; Koyanagi, Ko; Khurana, Jp; Raghuvanshi, S; Singh, Nk; Tyagi, Ak; Haberer, G; Fujisawa, M; Hosokawa, S; Ito, Y; Ikawa, H; Shibata, M; Yamamoto, M; Bruskiewich, Rm; Hoen, Dr; Bureau, Te; Namiki, N; Ohyanagi, H; Sakai, Y; Nobushima, S; Sakata, K; Barrero, Ra; Sato, Y; Souvorov, A; Smith White, B; Tatusova, T; An, S; An, G; Oota, S; Fuks, G; Fuks, G; Messing, J; Christie, Kr; Lieberherr, D; Kim, H; Zuccolo, Andrea; Wing, Ra; Nobuta, K; Green, Pj; Lu, C; Meyers, Bc; Chaparro, C; Piegu, B; Panaud, O; Echeverria, M.
Rapid and differential proliferation of the Ty3-Gypsy LTR-retrotransposon Atlantys in the genus Oryza 1-gen-2008 Zuccolo, Andrea; S., Jetty; H., Kim; A., Sanhyal; S., Jackson; R. A., Wing
Characterization and chromosomal organization of satellite DNA sequences in Picea abies 1-gen-2008 Sarri, V; Minelli, S; Panara, F; Morgante, M; Jurman, I; Zuccolo, Andrea; Cionini, Pg
The Amborella genome: an evolutionary reference for plant biology 1-gen-2008 Soltis, D; Albert, V; Leebens Mack, J; Palmer, Jd; Wing, Ra; Depamphilis, Cw; Ma, H; Carlson, Je; Altman, N; Kim, S; Kerr Wall, P; Zuccolo, Andrea; Soltis, Ps
Human gut microbiota in obesity and after gastric bypass 1-gen-2009 H., Zhang; J. K., Dibaise; Zuccolo, Andrea; D., Kudrna; M., Braidotti; Y., Yu; P., Parameswaran; M. D., Crowell; R., Wing; B. E., Rittmann; R., Krajmalnik
The B73 Maize Genome: Complexity, Diversity, and Dynamics 1-gen-2009 P. S., Schnable; D., Ware; R. S., Fulton; J. C., Stein; F., Wei; S., Pasternak; C., Liang; J., Zhang; L., Fulton; T. A., Graves; P., Minx; A. D., Reily; L., Courtney; S. S., Kruchowski; C., Tomlinson; C., Strong; K., Delehaunty; C., Fronick; B., Courtney; S. M., Rock; E., Belter; F., Du; K., Kim; R. M., Abbott; M., Cotton; A., Levy; P., Marchetto; K., Ochoa; S. M., Jackson; B., Gillam; W., Chen; L., Yan; J., Higginbotham; M., Cardenas; J., Waligorski; E., Applebaum; L., Phelps; J., Falcone; K., Kanchi; T., Thane; A., Scimone; N., Thane; J., Henke; T., Wang; J., Ruppert; N., Shah; K., Rotter; J., Hodges; E., Ingenthron; M., Cordes; S., Kohlberg; J., Sgro; B., Delgado; K., Mead; A., Chinwalla; S., Leonard; K., Crouse; K., Collura; D., Kudrna; J., Currie; R., He; A., Angelova; S., Rajasekar; T., Mueller; R., Lomeli; G., Scara; A., Ko; K., Delaney; M., Wissotski; G., Lopez; D., Campos; M., Braidotti; E., Ashley; W., Golser; H., Kim; S., Lee; J., Lin; Z., Dujmic; W., Kim; J., Talag; Zuccolo, Andrea; C., Fan; A., Sebastian; M., Kramer; L., Spiegel; L., Nascimento; T., Zutavern; B., Miller; C., Ambroise; S., Muller; W., Spooner; A., Narechania; L., Ren; S., Wei; S., Kumari; B., Faga; M. J., Levy; L., Mcmahan; P., Van Buren; M. W., Vaughn; K., Ying; C., Yeh; S. J., Emrich; Y., Jia; A., Kalyanaraman; A., Hsia; W. B., Barbazuk; R. S., Baucom; T. P., Brutnell; N. C., Carpita; C., Chaparro; J., Chia; J., Deragon; J. C., Estill; Y., Fu; J. A., Jeddeloh; Y., Han; H., Lee; P., Li; D. R., Lisch; S., Liu; Z., Liu; D. H., Nagel; M. C., Mccann; P., Sanmiguel; A. M., Myers; D., Nettleton; J., Nguyen; B. W., Penning; L., Ponnala; K. L., Schneider; D. C., Schwartz; A., Sharma; C., Soderlund; N. M., Springer; Q., Sun; H., Wang; M., Waterman; R., Westerman; T. K., Wolfgruber; L., Yang; Y., Yu; L., Zhang; S., Zhou; Q., Zhu; J. L., Bennetzen; R. K., Dawe; J., Jiang; N., Jiang; G. G., Presting; S. R., Wessler; S., Aluru; R. A., Martienssen; S. W., Clifton; W. R., Mccombie; R. A., Wing; R. K., Wilson
Rice structural variation: a comparative analysis of structural variation between rice and three of its closest relatives in the genus Oryza 1-gen-2010 B., Hurwitz; D., Kudrna; Y., Yu; A., Sebastian; Zuccolo, Andrea; S., Jackson; D., Ware; R., Wing; S., Lincoln
A draft physical map of a D-genome cotton species (Gossypium raimondii) 1-gen-2010 L., Lin; G. J., Pierce; J. E., Bowers; J. C., Estill; R. O., Compton; L. K., Rainville; C., Kim; C., Lemke; J., Rong; H., Tang; X., Wang; M., Braidotti; A. H., Chen; K., Chicola; K., Collura; E., Epps; W., Golser; C., Grover; J., Ingles; S., Karunakaran; D., Kudrna; J., Olive; N., Tabassum; E., Um; M., Wissotski; Y., Yu; Zuccolo, Andrea; M. U., Rahman; D. G., Peterson; R. A., Wing; J. F., Wendel; A. H., Paterson
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